לאנשים בעלי פיגמנטציה לא מומלץ לבצע הסרת שיער בלייזר מכיוון שהנזק שעלול להיגרם להם, הוא נזק בלתי הפיך.
כל כתם שחום שנמצא על פני העור מושך אליו, יותר מהצבע של העור עצמו, את גל האינפרא אדום שקיים בקרן הלייזר ולכן קיים חשש שעקב מכת החום בכתם של הפיגמנטציה, הכתם יתכהה יותר ממה שהיה קודם. מצב זה מחמיר ככל שמבצעים יותר טיפולים על הכתם.
למעשה פעולת הסרת שיער ב IPL (בהבזק אור) מתבצעת בטווח רחב של קרניים רב גווניות (קרניים פוליכרומטי) ואילו קרן הלייזר היא ממוקדת חד גוונית (מונוכרומטי), אינפרא אדום גרידא והי לכך, היא חמה יותר וחודרת לרקמות עמוקות יותר.
קרן הלייזר בנויה בטווח הגלים הארוכים יותר וכולה מתבססת על אינפרא אדום חזק יותר, שלא כמו בהבזק אור.
כשאנשים בעלי פיגמנטציה יבצעו הסרת שיער בלייזר, אז קרן הלייזר תינעל על הכתם עם הפיגמנטציה בעוצמה חזקה מאוד והפעולה יכולה לפייח את כתם הפיגמנטציה.
משום כך בעלי עור שחום, אינם מתאימים לבצע טיפולי הסרת שיער בלייזר.
כאשר קרן הלייזר פולשת עד לשכבת העור הפפילרי, במיקום יצירת התאים, היא מעוררת את התאים המלנוציטים להתחיל לייצר מלנין הצובע לנו את שערינו וגם את גוון עורנו.
 
באזורים שבהם כבר פגעו טיפולי הסרת שיער בלייזר בשכבת העור הפפילרי, תיווצר נקודת פיגמנטציה קבועה על פני העור, כמעין מטריה קבועה, על מנת לתת לנו הגנה קבועה על האזור הפגוע מקרינת השמש וזאת בגלל שמתחת לפיגמנטציה לא קיימים יותר תאים המסוגלים ליצר מלנין שמגן עלינו מפני קרינת UV – קרינה אולטרא סגולית מסרטנת. כלומר, המגן הקבוע הזה, נקרא פיגמנטציה והוא נותן הגנה על רקמת העור שמתחת שכבר אינו פעיל יותר, או שריכוז תאי המלנוציטים נמוך מאוד.
שכבת עור פפילרית שנפגעה, אינה יכולה לייצר, לא מלנין, לא תאי עור וגם לא תאים הבונים את השיער. שכבה שנפגעה קרויה בשפה מקצועית שכבה מוקפאת ובהסרת שיער לצמיתות שואפים להגיע להקפאה של נקודת יצירת שורשי השיער.
אולם בניגוד לכך בטיפולי הסרת שיער באינפרא אדום, אין השלכה (אם משתמשים בנורות מתאימות ומסנן טווחי קרניים ספציפיים) על פיגמנטציה והתרבות של נקודות חן. כמו שצוין קודם לכן, הדבר תלוי מאוד בנורות המורכבות ב מכשיר להסרת שיער שעלולות לפלוט טווחים של אורכי גל הנמצאים קרוב לטווח קרני אולטרא סגול.
 
כידוע, הופעת פיגמנטציה היא רק בחשיפה לשמש ובטיפולי לייזר הפיגמנטציה מתחזקת. השמש פולטת קרניים אולטרא סגולות מסרטנות שגורמות לפיגמנטציה וקרן הלייזר צורבת אותן. במידה ומשתמשים ב מכשיר להסרת שיער ב IPL המופעל בקליניקה ושאינו מספק את הקרניים האלו, הכל בסדר ולא תיווצר תופעה של פיגמנטציה.